Семинар из вештачке интелигенције, 29. јун 2022.

јун 26, 2022 | Семинари

Наредни састанак Семинара биће одржан онлајн у среду, 29.јуна 2022, од 19-20 часова.

Предавач: Биљана Стојановић, Математички институт САНУ

Наслов предавања: АНАЛИЗА КОДИРАЈУЋИХ И АМИНОКИСЕЛИНСКИХ СЕКВЕНЦИ ПРОТЕИНА ВИРУСА SARS-COV-2 МЕТОДОМ КЛАСТЕРОВАЊА

Апстракт: У предавању ће бити изложени резултати добијени кластеровањем протеина вируса SARS-CoV-2 на основу:

  1. употребе кодона (енгл. Codon Usage, CU) у кодирајућим (нуклеотидним) секвенцама протеина и
  2.  едит-растојања аминокиселинских секвенци протеина, ради карактеризације специфичних протеинских група (типова) и сојева вируса SARS-CoV-2 којима припадају посматрани протеини.

Појам употребе кодона се односи на разлике у учесталости појављивања синонимних кодона аминокиселина током транслације протеина. Употреба кодона је израчуната применом две стандардне мере (индекса):  релативне употребе синонимних кодона (енг. Relative Synonimous Codon Usage, RSCU) и ефективног броја кодона (енгл. Effective Number of Codons, ENC) појединачних аминокиселина. Едит-растојања секвенци аминокиселина израчуната су за сваки пар протеина. Скуп података од 423.425 нуклеотидних секвенци изолата преузет је са:   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2 25. августа 2021. Након процеса чишћења остало је 347.962 изолата са 225.934 јединствених (2.366.031 укупно) кодирајућих секвенци протеина.

Провера конзистентности је извршена између нуклеотидних секвенци и аминокиселинских кодова одговарајућих протеина на основу стандардне таблице генетског кода (transl_table 1). Кластеовање протеина је извршено са више различитих метода уз варирање параметара алгоритама кластеровања. Кластеровањем скупа кодирајућих секвенци добијају се јасно раздвојени протеини одговарајућег типа (ORF1a, ORF1ab, S-protein, N-protein, …) што показује да сваки тип протеина има свој специфичан „потпис“ зависан од употребе кодона. Уколико се посматрају ознаке протеина према WHO (World Health Organization) анотацији, добијају се кластери у којима поједини сојеви протеина изразито доминирају или у којима је заступљен само један сој. Ови резултати могу да послуже за одређивање сојева изолата који су прикупљани у првом периоду док још није вршена WHО анотација.

Напомена: Регистрациона форма за учешће је доступна на линку:
https://miteam.mi.sanu.ac.rs/asset/CW5nJWDSEZDj7p32p

Уколико желите само да пратите предавање без могућности активног
учешћа, пренос је доступан на линку:
https://miteam.mi.sanu.ac.rs/asset/4LNW8WtML7rLKojoz